11月4日，蔬菜所番茄茄子研究团队在茄子泛基因组构建、驯化历史解析及农艺性状基因挖掘方面取得进展，论文“Graph pangenome advances genetic discoveries and the improvement of eggplant”（图形泛基因组推动茄子遗传发现与改良）发表在中国科技期刊卓越行动计划领军期刊Horticulture Research（中科院一区Top，五年影响因子：9.1）。论文由蔬菜所余楚英高级农艺师、李韦柳副研究员为共同第一作者，王益奎研究员为通讯作者，研究获广西重点研发计划、国家自然科学基金等项目联合资助。

一、构建亚洲代表性泛基因组，覆盖完整遗传多样性

以栽培茄子“Gui5”为参考，整合非洲野生茄子“Y11”“Gui”“SME”等3个染色体水平基因组以及22份全球代表性种质重测序数据，构建出1.58 Gb茄子泛基因组（含84599个蛋白编码基因）。该组新增463.94 Mb非参考序列（占比27.65%），其中核心基因占38.3%（主导基础代谢），可缺失基因占46.9%，特有基因占14.9%。对特有基因的分析显示，非洲野生茄子和中国北方栽培茄子的特有基因数分别为1362个和1536个，显著高于中国南方（80个）、东南亚（118个）和欧洲（61个）区域茄子，这可能与驯化环境及人工选择相关。研究还发现，存在/缺失变异（PAV）基因与茄子抗逆性高度相关，为抗逆育种提供基因资源。

二、解析驯化历程，明确中国茄子演化地位

基于238份全球种质（含162份中国栽培种）重测序数据，明确茄子起源于非洲，在东南亚完成首次驯化（该地区材料显示出更高的核苷酸多样性及更早的分化时间，支持其作为主要驯化中心和遗传多样性中心的地位），后向欧洲、中国扩散并独立二次驯化。中国茄子分化为南、北两大群体，呈“独立演化”特征，其遗传多样性低于东南亚及欧洲种质，体现人工选择的影响。

三、挖掘农艺性状基因，助力精准育种

研究对235份茄子10个农艺性状2年的表型数据进行全基因组关联分析（GWAS），鉴定出了946个关联SNP位点及9605个候选基因。泛基因组特有的3个串联基因关联5个产量性状，其中玉米素生物合成基因通过调节昼夜节律、细胞分化等影响果实大小与果面形态，为高产与外观品质协同改良提供靶点。

蔬菜所  余楚英供稿/供图

一审一校：王日升

二审二校：薛臣艺

三审三校：陆炳强