曲俊杰:让生物信息学带葡萄霜霉病研究跳一场华丽的探戈
  • 发布单位:院办公室
  • 2020年10月22日 10时47分48秒
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广西农业科学院首届青年拔尖人才系列报道之二十一

曲俊杰:让生物信息学带葡萄霜霉病研究跳一场华丽的探戈

曲俊杰本科读的是生物专业,学习期间,看见身边很多同学都在报考国家计算机等级考试,一开始并没有报名的他也想试一试。

也不知当时他身上从哪来的那股劲,别人报班学习,他却想到自学。学什么好呢?一打听,最难的是C语言,最难通过,但最有用。他想,难有什么好怕的,自学C语言就好了。

于是,他把考试费用交了,买了本教材自己看起来。学起来的时候,他才知道自己想得太简单了,头一两章看起来还懵懵懂懂,但硬着头皮往下看,越往后越迷糊,简直一头雾水,到最后一点都看不懂。

怎么办?不学了?可考试费用已经交了,岂不浪费?可学又太难。那就继续硬着头皮往下看吧。既然前面的还没有完全理解,那就再从头来一遍吧。就这样,曲俊杰又从头开始过一遍,直到看不下去为止。来来回回看了五六遍,能看懂的越来越多,每看一遍都有更深的理解。到最后,凭着自己的坚持和执着,曲俊杰彻底征服了C语言。

通过这件事情,曲俊杰明白了一个道理:在最艰难的时候,不要放弃,再坚持一下,挺过去,后面就顺了。同时也激发了他对计算机的兴趣,树立了自信,从此爱上了计算机这一学科。

在这之后,曲俊杰想尽办法按照计算机专业的课程体系,自学了模拟电路、数字电路、单片机、计算机组成原理、算法与数据结构、编译原理、操作系统、计算机网络、数据库、面向过程和面向对象的各类编程语言等所有的必修课程和重要的选修课程。学习的教材,有自己买的,有图书馆或者计算机专业认识的朋友借的或送的。自学过程中,并非一帆风顺,有痛苦也有煎熬,但是兴趣和坚持这两样东西让他最终克服了所有的困难。

凭着顽强的自学能力,曲俊杰考取了北京航空航天大学的嵌入式软件专业的研究生,继续深入学习了更多的专业知识,研究了实时操作系统μC/OS和开源系统Linux的源代码,并在当时位于上海的华为终端公司实习近一年,随后到百度云计算事业部工作了4年。

在百度工作期间,因为机缘,曲俊杰经常到中国农业大学食品科学与营养工程学院卢江教授的实验室闲逛,当卢江教授得知他具有生物和计算机专业的双重专业背景之后,就饶有兴趣地跟他讲起了生物信息学、功能基因组学,说他的专业背景学起来非常容易,并提议他可以利用下班和节假日的闲暇时间给实验室做兼职科研助理,帮助做一些数据分析工作,曲俊杰欣然答应。

就这样,一开始,曲俊杰一边上班,一边偶尔写点代码做点分析工作。后来,需要分析的数据越来越多,再到后来启动葡萄霜霉菌全基因组测序项目,整个分析工作全部由他来负责。在这个过程中,他一边上班,一边自学生物信息学的相关知识,同时经常通过各种渠道拜师学艺,虚心求教。

2015年刚到广西农科院工作时,曲俊杰与同事一起负责重点实验室的生物信息学平台,除了完成自己的研究工作外,还参与了部分与其他研究所和团队的合作工作,对于一些涉及生物信息学分析方面的需求提供服务。

随着重点实验室的转型与发展,曲俊杰结合实际情况,逐渐确定自己的研究方向,个人以结合团队研究方向开展生物信息学研究为主,与其他团队合作研究为辅。

葡萄霜霉病是威胁葡萄产业发展的第一大病害,而广西地区夏季高温高湿多雨,发病尤其严重,从生物信息学角度深入研究葡萄抗霜霉病机制与霜霉菌致病机理、葡萄与霜霉菌的互作机制,对探索新的葡萄霜霉病防治手段和加速抗病育种进程具有重要意义。曾经在卢江教授的实验室做过葡萄霜霉菌全基因组测序项目分析工作的曲俊杰再次燃起对这份工作的热爱,负责并完成了多个葡萄、不同致病力霜霉菌的全基因组、重测序以及转录组的测序和数据分析工作,力求把这些项目的数据分析做精做细做透,获取对未来后组学的实验研究有价值的东西。在与团队成员的密切配合下,他们顺利完成了首个葡萄霜霉菌的全基因组测序工作。

随着团队不断发展壮大,这些分析工作所体现的价值越来越凸显。研究过程中,曲俊杰与团队成员积极开展个性化的组学数据分析挖掘候选基因,为解决葡萄霜霉病这一难题提供各种分析支撑。他们的研究方向分别涉及到葡萄与霜霉菌互作的方方面面,拓展了团队整体的研究方向,丰富了对葡萄与霜霉菌互作机制全貌的理解。而从组学数据中挖掘出的大量有价值的信息还有很多,正等待着下一步的深入研究,为开展后组学研究提供坚实的数据库储备。

几年来,曲俊杰获得国家自然科学基金和广西自然科学基金各1项,发表SCI论文3篇,并将在项目中遇到的问题的解决方法提炼成多个发明专利并获得授权。

生物与计算机,一个得天然而存在,一个因人类创造而生。看似两个毫不相干的事物,却有着惊人的相似之处。一个以AGCT仅仅4个碱基编码出万千世界,一个用0和1仅仅2个符号创造了无限可能;一个进化不止生生不息,一个更新迭代推陈出新。看似复杂的现象背后,都是简单到极致的幕后推手。

从生物学到计算机学,再到生物信息学,曲俊杰的跨学科经历让他获得了不一样的科学知识与感悟。他说,“在今后的研究过程中,我将利用自己的所学知识为解决葡萄霜霉病这一难题提供精准的数据分析,与团队成员精密合作,力求在这一领域取得更大的成绩。”


曲俊杰在对葡萄霜霉菌致病基因进行全基因组范围预测鉴定

院办公室  薛臣艺供稿/曲俊杰供图  杨景峰审核

责任编辑:薛臣艺