常用分子生物学软件
  • 发布单位:广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室
  • 2013年04月08日 10时56分13秒
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来源:丁香园

软件功能分类简介:

综合软件:DNASIS 2.5, Omiga 2.0, DNATools 5.1, Bioedit DNAssist

同源分析:ProMSED2, Genetree Genedoc3.2, Kest5.1, Clustalx

引物设计:Primer Premier5.0, Oligo6.0, DNA Club

质粒绘图:Gene Construction Kit 2.0, Plasmid Premier 2.02, WinPlas2.6

图像观察:Vector NTI Viewer, Cn3D, Pov-RAY, MolMol2.5, Band Leader 3.0, RasMol2.7

统计分析:DNASIS2.5, MACAW2.05, RNA Structure 3.5, RNA draw

一、实验准备阶段

较常使用软件:

1. Reference Manager 9.0 可以在线通过查找关键词搜索PubMed609Z39.50数据库中的专业资料,同时保存查找的资料为本地文件。

2. Endnote 3.1.2是一个在线专业资料查找系统,可以保存查找资料,并在文章中对引用格式化。

二、实验实施阶段

常用软件:

1. 综合软件

Omiga 2.0, DNASIS2.5, DNATools 5.1

2. 限制酶切位点分析

DNAssist1.0

3. 引物设计

Primer Premier5.0

4. 序列的同源比较

Genetree GeneDoc3.2, MACAW2.05, Clustalx

5. 质粒绘图

Gene Construction Kit 2.0, Plasmid Premier2.02

6. 结构域(motif)查找

Primer Premier5.0

7. RNA二级结构预测

RNA draw, RNA Structure 3.5

8. 蛋白二级结构分析

Antheprot4.5

9. 三维结构显示

RasMol2.7.1, Cn3D

10. 格式转换

Seqverter 1.3

11. 电泳图谱分析

Band Leader 3.0

三、实验结果输出阶段

生成出版质量的图片:Pov-Ray for Windows3.1, Molmol2.5.1

向数据库递交序列:Sequin 2.90

Digest DIGEST能够扫描DNA序列并查找限制性内切酶位点。

PCMolecule是观察三维分子结构的软件,能够观察以.mcm格式保存的三维分子。

PC-Rare是应用八聚体频率出现的不一致性的方法来设计PCR引物。

Redsoft Plasmid的设计是用来帮助生命科学家快速而轻松地绘制专业级质量的质粒载体图。

TreeView是用来生成与打印进化树的软件,它可以读取NEXUSPHYLIP生成的进化树格式文件,生成进化树,并输出到打印机。