水果研究中心成立于2017年，建设有农业农村部南宁番石榴种质资源圃、广西果树种质南宁杨桃资源圃、波罗蜜资源圃、番木瓜种质资源保护广西创新基地。主要从事番木瓜、番石榴、杨桃、波罗蜜等热带特色小宗果树种质资源收集保存、品种选育、丰产栽培、病虫害防治等方面的研究工作。现有专业技术人员18人，其中正高级职称1人，副高级职称7人，硕士学位14人。

中心在本所拥有科研试验地135亩，在横县、隆安、武宣等地建有番木瓜示范基地12个，收集保存热带小宗果树种质资源300多份。

选育出番木瓜桂热1号、番木瓜桂热2号优良品种。番木瓜桂热3号、桂热优1号获得农业农村部植物新品种权。番木瓜桂热1号被列为农业农村部“十三五”期间第一批热带南亚热带作物主导品种,应用到横州市、贵港市、来宾市，种植面积较大，效益显著，应用前景较好。

先后承担完成农业农村部物种资源保护项目、广西科技厅农转项目、广西自然科学基金青年基金项目、南宁市科技计划项目、广西农业科学院项目20多项。获科技进步奖5项次，其中《加工型番木瓜桂热1号新品种培育与应用》获2024年度广西科技进步奖三等奖。获授权国家发明专利17件，科技成果登记19项，发表科技论文58篇，完成制订农业行业标准4项，承担制定广西地方标准7项。