经中国科学引文数据库（Chinese Science Citation Database，简称 CSCD）的定量遴选、学科专家评审和中国科学引文数据库来源期刊遴选委员会的评议，《南方农业学报》入选为2015-2016年度中国科学引文数据库来源期刊（http://sciencechina.cn/cscd_source.jsp）。这是自2011年《南方农业学报》更名以来，第3次被中国科学引文数据库收录。

        2015-2016年度中国科学引文数据库收录来源期刊1200种，其中中国出版的英文期刊194种，中文期刊1006种。与2013-2014年度收录来源期刊1141种相比，英文期刊新增69种，而中文期刊缩减了10种。

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